Это прямое продолжение первого сезона, только прыжок во времени на пару лет. Дан и компания уже забыли про былые битвы, но Драго внезапно выныривает из портала прямо перед Даном. У него плохие новости: его родной мир Новая Вестроя оккупирован пришельцами вестами, и Драго просит старого друга о помощи.

Прибыв на место, Дан и увязавшийся за ним Маручо выходят на подпольное сопротивление — Фронт Освобождения Бакуган. Там уже воюют Мира, Эйс и Бэйрон, каждый со своим стилем и бакуганом. Вместе они пытаются дать отпор шестерке сильнейших военачальников вестов, которых зовут вексы. Противостояние не из легких: враг технически подкован и не играет по старым правилам.

В общем, сюжет про то, как герои упираются в более серьезного и циничного противника, чем раньше. Битвы становятся жестче, а союзники — не такими уж и надежными. Если первый сезон был про знакомство с миром бакуган, то здесь уже идет полноценная война за чужую планету, и цена ошибки выше.