Зеро, адмирал, потерявший в войне с механоидами всю семью, теперь водит буксир. Перемирие, заключённое, когда машины почти захватили Землю, держится на честном слове. Служба у него не пыльная, но одно из заданий оборачивается встречей с пиратским кораблём, который называют «Тенью смерти». Бой Зеро проигрывает.

Командование быстро находит виновного: легендарный капитан Харлок. Тот самый, чьё имя внушает страх по всей Галактике. Зеро получает приказ захватить пирата и вступает в Независимый Флот. Под его началом — старый военный линкор «Кария» и сборная команда из людей и механоидов.

Теперь всё, что у него есть, — это корабль и цель. Нужно обыскать Вселенную, чтобы выйти на след Харлока. Но война оставила слишком много шрамов, и доверять бывшим врагам, даже под одним флагом, не так просто.