В 2066 году Республика Хонтворл выходит из состава ООН без объяснения причин. Скандал в организации ставит под угрозу мировую безопасность. Вскоре столица Триада, город Мьори, подвергается атаке летающей крепости в форме птицы, которую называют Король-Черепаха.

Международная научная организация ISO получает приказ разобраться с противником. Доктор Кодзабуро Намбу руководит расследованием, но ведущие учёные организации начинают пропадать один за другим. Пятеро бойцов Научного отряда ниндзя — Гатчамен — возвращаются к делу. Команда не собиралась вместе с тех пор, как сражалась с Берг Катце и его организацией Галактор.

Кэн Васио, известный как Орёл, снова ведёт команду. Им предстоит выяснить, что стоит за действиями Хонтворла и исчезновениями учёных, и столкнуться с силой, которая напоминает о старом враге.