Девичьи воздушные силы

Кэй Нарутани возвращается в Японию на военном флоте. Неподалёку от Шанхая конвой атакуют Дзай — таинственные летательные аппараты, которые уже несколько лет уничтожают воздушные силы разных стран. Во время эвакуации на спасательной шлюпке парень замечает красный истребитель, открывающий огонь по врагу. Машину подбивают, и она падает в море.

Кэй бросается на помощь. Внутри истребителя вместо пилота в снаряжении он находит маленькую девочку по имени Грипен. Она — «Дочь», боевая единица с автоматической системой пилотирования «анима», созданная, чтобы противостоять Дзай. Выглядит как обычный подросток, но от неё зависит исход войны в небе.

Действие разворачивается на фоне затяжного конфликта в Восточной Азии, где человечество постепенно теряет превосходство в воздухе. Судьба Грипен и Кэя оказывается связана с будущим этих сражений.