Бато и Тогуса остаются в составе Девятого отдела, который продолжает работу спустя годы после событий первого фильма. Мотоко Кусанаги исчезла, и её место рядом с Бато теперь занимает напарник-человек. Отделу поручают расследование серии убийств, совершённых гиноидами — прототипами, которые после преступления уничтожают себя.

Один из таких гиноидов перед самоуничтожением обращается к Бато с просьбой о помощи. Это заставляет его копать глубже, чем предполагает стандартная процедура. Вместе с Тогусой он выходит на след, ведущий к производителю гиноидов и их странной программной архитектуре.

Производством занималась студия Production I.G, фильм вышел в 2004 году. Картина продолжает линию киберпанка с уклоном в философские вопросы о душе и искусственном сознании.