Кайдзю-герлз Агира, Миклас и Уиндом давно освоились в организации GIRLS. Их дни заполнены работой, тренировками и обычными заботами, а битвы с гигантскими монстрами остались в прошлом. Души тех самых кайдзю теперь живут в облике юных девушек, и это стало привычной нормой.

Однажды в GIRLS поступает сообщение о новой разновидности Теней. Те угрозы, что считались побеждёнными, возвращаются в ином виде, и это нарушает спокойное течение жизни. Агира, Миклас и Уиндом готовятся к возможным неприятностям, но вскоре выясняется, что проблемы могут начаться и внутри их собственных рядов.

С Alien Guts начинают происходить странные изменения. Никто не может сразу объяснить, что с ней творится, и это добавляет напряжения в и без того тревожную обстановку. Девушкам предстоит разобраться и с внешней угрозой, и с тем, что происходит с их товарищем, пока ситуация не вышла из-под контроля.