Второй сезон «Фи Брейн» начинается с того, что браслет Орфея у Даймона разрушен, и вроде бы всё наконец успокоилось. Но тишина недолгая: объявляется группировка под названием Орден Орфея, которая считает Даймона предателем и ренегатом. Они не собираются прощать ему отказ от их идеалов и начинают охоту. Просто так схватить юного гения не выходит, поэтому враги идут ва-банк и вторгаются прямо в школу Квадратного Корня.

Из-за такого поворота события Даймону приходится объединяться с теми, кто ещё недавно был его противником. Бывшие враги встают на одну сторону с ним, чтобы защитить школу и своих. Причём угроза теперь не просто в силе, а в головоломках, которые Орден использует как оружие. Ставки растут, и каждое новое испытание оказывается связано с тайнами, которые тянутся ещё с прошлых серий.

Сериал продолжает линию с головоломками и логическими битвами, но теперь акцент смещён на противостояние с целой организацией. Даймону приходится не только решать загадки, но и разбираться в мотивах Ордена, а также в том, почему его считают предателем. Любителям первой части будет интересно увидеть, как раскрываются характеры второстепенных персонажей и какие новые грани появляются у уже знакомых героев.