Субару Хосикава учится в пятом классе. Его отец пропал во время космической катастрофы, и мальчик живёт с матерью, стараясь не думать о прошлом. Мир 220X года опутан сетью радиоволновых технологий — так называемой Волновой дорогой, по которой передаются данные и сигналы.

Однажды Субару сталкивается с существом по имени Уор-Рок. Тот прибыл с далёкой планеты FM и утверждает, что знает об отце мальчика. Но Уор-Роком интересуются и другие инопланетяне, и за ними начинается охота. Чтобы выжить, Субару и Уор-Рок объединяются, сливаясь в единую форму — Мегамена, радиоволнового воина.

В этом облике Субару может перемещаться по Волновой дороге и сражаться с радиоволновыми вирусами и пришельцами, угрожающими Земле. Цена ошибки высока: враги не остановятся ни перед чем, а правда об отце может оказаться опаснее, чем ожидал мальчик.