Тэцуро Хосино воюет на Земле уже несколько лет. Восстание против Механизированной империи почти подавлено, силы людей на исходе, и сам он в отчаянии. Но в разгар боёв на планету прибывает Галактический экспресс 999, а следом Тэцуро получает сообщение от Мэйтел с просьбой вернуться на поезд.

Прорываться к станции приходится с боем, выживая буквально чудом. Дальше — путь на борту 999-го, где его ждут новые встречи и обстоятельства, разобраться в которых будет непросто.

Полнометражное продолжение истории о путешествии Тэцуро, снятое Toei Animation в 1981 году. В центре — война, усталость и попытка вырваться из неё, хотя бы на время.

События разворачиваются на фоне почти проигранного восстания, и ставки здесь выше, чем в прошлый раз. Отправление на экспрессе не выглядит побегом — скорее, вынужденным шагом в неизвестность, где ответы, если они есть, придётся искать самому.