Земля встречает новую эру триумфа, а легендарный линкор «Ямато» становится символом надежды для целого поколения. В ряды экипажа вливаются свежие силы — молодые новобранцы, готовые доказать свою доблесть, а командование усилено двумя новыми кораблями поддержки, которые ведут проверенные в боях Юки Мори и Сиро Санада. Однако за блеском парадов и восторженных речей зреет раскол: не все готовы принять решения, принятые капитаном Сусуму Кодаем в прошлом, и это напряжение грозит вылиться в открытое противостояние.

Пока Земля празднует, гамиланцы переживают величайшую катастрофу в своей истории. Их родной мир стремительно умирает, и лидер Абердт Деслер вынужден пойти на отчаянный шаг: притвориться покорным слугой деспотичного правительства Галмана, чья цивилизация почти неотличима от гамиланской. Его истинный замысел — перехватить контроль над этой могущественной планетой и использовать её ресурсы для спасения собственного народа. Но едва начинается массовое переселение, как неизвестная сила обрушивается на них с невероятной мощью, искажая саму реальность вокруг Искандара — родины королевы Старши.

Шестимесячная учебная миссия «Ямато» оборачивается настоящим испытанием, когда флот сталкивается с гамиланскими дипломатами, несущими страшные вести о произошедшей трагедии. Сусуму Кодай, вопреки прямым приказам и уставу, решает взять курс на гибнущий Искандар, чтобы оказать помощь выжившим беженцам. Этот акт неповиновения ставит под удар не только его карьеру, но и отношения с теми, кто сомневается в его мотивах, ведь на кону может оказаться судьба куда более значительная, чем простое спасение.